Sa superficie globale est de 2 034 kilomètres carrés qui se répartissent ainsi : Grande Comore (Ngazidja) 1 025 km2 (avec Moroni, la capitale) ; Mohéli (Mwali) 211 km2 ; Anjouan (Nzuani) 424 km2 et Mayotte (Maoré) 374 km2. La distance maximale entre deux îles ne dépasse pas 75 kilomètres. Compte tenu de la sécession de Mayotte, la superficie « politique » des Comores est de seulement 1 862 kilomètres carrés.
La formation de l'archipel provient de plusieurs phases d'activité volcanique. Volcanisme ancien à Mayotte ; ancien et récent sur les trois autres îles. Seule la Grande Comore a encore un volcan actif, le Kartala (2 361 m), dont la dernière éruption remonte au 5 avril 1977. Le cratère, d'une largeur de 3 à 8 kilomètres, est l'un des plus grands du monde. Les types de sols hérités de cette formation volcanique sont d'une extrême fertilité, mais ils se caractérisent également par une relative fragilité.